אגף פיקוח ואכיפה אחראי על שמירת החוקים, התקנות והכללים אשר נקבעו עפ"י חוק המים התשי"ט 1959, חוק מדידת מים תשט"ו -1955, חוק הפיקוח על קידוחי מים תשט"ו-1955 , חוק תאגידי מים וביוב התשס"א 2001.  במסגרת תפקידם המפקחים מבצעים מעקב ובקרה על מתקני המים השייכים למפיקים פרטיים ומנטרים את כמויות ההפקה בשטח ובאמצעות מערכת קריאה מרחוק(קר"מ), האגף מרכז את טיפול ותחזוקת המתקן, בטיחותו, מניעת זיהומו, ונמצאים בקשר ישיר מול בעלי הרישיונות לשמירה על הכללים שנקבעו ברישיון הקדיחה וברישיון ההפקה וההספקה.
יחידת האכיפה מנהלת תיקי חקירה פליליים ומינהליים בגין עבירות על החוקים והתקנות שהוזכרו לעיל ומגבשת המלצות להטלת עצומים כספיים כנגד המפירים.