אגף תכנון ופרויקטים אמון, בין היתר, על קידום פרויקטים חוצי ארגונים. המטרה היא להבטיח עבודה סינרגטית ומתואמת בין הגופים, להוביל תכניות אופרטיביות מתואמות ויעילות שמסייעות לקדם את תחומי הליבה של המשרד לביטחון לאומי ושל הגופים שתחת אחריותו (מ"י, כב"ה, שב"ס), תוך יצירת שותפויות בין ממשלתיות ובין מגזריות.